"Tôi là ai, đây là đâu ?". Câu hỏi đầu tiên hiện lên trong đầu Alex Mercer, thức dậy sau một giấc ngủ dài, Alex cảm thấy sự khác lạ trong cơ thể mình, một sức mạnh siêu nhiên đang chảy trong người anh, một sức mạnh có thể thay đổi cả thế giới...

Nhận ra mình đang ở trên đảo Manhattan (thành phố New York), nơi đang bị quân đội quốc gia cách ly vì một dịch bệnh kì lạ, tất cả mọi người đều trở thành những con quái thú khát máu. 2 quả rocket từ một chiếc trực thăng gần đó được phóng nhằm vào anh nhằm tiêu diệt những kẻ đột biến, nhẹ nhàng né tránh rồi phóng lên cao ốc gần đó, bỏ lại sau lưng những vụ nổ kinh hoàng, Alex tung ra một luồng điện, "quái vật" Apache đã bị anh khống chế, nó mất lái rồi... bốc khói.

Prototype "thả" người chơi vào thành phố New York rộng lớn, một môi trường mở và bạn có thể làm bất cứ những gì mình thích (một xu hướng thường thấy trong các trò chơi hiện nay). Game có tất cả 31 nhiệm vụ mà bạn phải thực hiện bao gồm việc tìm và diệt các mục tiêu được chỉ định. Kẻ thù của Alex khá đa dạng, từ những người bị đột biến khác đến lực lượng quân đội Mỹ, những người muốn hủy diệt mọi thứ để che dấu hành vi thí nghiệm sinh học trên con người.

Activision cung cấp cho người chơi hàng tá kĩ năng để sống sót (sẽ được unlock dần thông qua quá trình chơi). Alex có thể điều khiển mọi vật xung quanh, chiếm hữu thể xác lẫn tinh thần của kẻ khác để tiêu diệt mục tiêu hay đơn giản là làm bia đỡ đạn cho anh. Hãy tưởng tượng phía trước mặt bạn là vài chiếc trực thăng Apache được trang bị tối tân, sau lưng là vài con quái vật với hình thù ghê tởm, bạn sẽ làm gì ? Đối với Alex, anh thọc tay xuống đất và lôi lên các cọc nhọn để xuyên thủng kẻ thù dưới mặt đất, tiếp đó, Alex nhảy sang một bên, dùng kĩ năng của mình để điều khiển một chiếc trực thăng và dùng nó để tiêu diệt những chiếc khác.

Thành phố New York rất rộng lớn, nếu chán với những nhiệm vụ chính đầy giết chóc, bạn có thể thoải mái dạo xung quanh, thăm thú công viên trung tâm (Central Park), quảng trường thời đại (Times Square) hay leo lên những tòa nhà để tìm kiếm những bí mật trong game. Khi mệt mỏi, bạn cũng có thể vào những quán bar để hồi phục sức khỏe cho Alex, những chi tiết tưởng chừng nhỏ nhặt như thế những đã làm cho Prototype có giá trị chơi lại rất nhiều.

Game có đồ họa ấn tượng với tông màu sẫm chủ đạo nhằm nhấn mạnh tính khốc liệt của trò chơi, tuy phần hiệu ứng được làm rất tốt nhưng phần ngoại cảnh lại không thật sự đẹp, bạn sẽ hơi thất vọng khi nhìn vào những tòa nhà hay những chiếc ôtô trong game. Gameplay được thiết kế tốt với những pha leo trèo và kĩ năng chiến đấu phong phú.